Der Biotechnologie- und Bioproduktionssektor in der EU steht vor mehreren Herausforderungen: Forschung und Technologietransfer auf den Markt, komplexe Rechtsvorschriften, Zugang zu Finanzmitteln, Qualifikationen, Hindernisse in der Wertschöpfungskette, geistiges Eigentum, öffentliche Akzeptanz und wirtschaftliche Sicherheit. Aus diesem Grund schlägt die Kommission in ihrer Mitteilung „Mit der Natur in die Zukunft“ u.a. die folgenden Massnahmen vor: Nutzung der Forschung und Förderung der Innovation, Stimulierung der Marktnachfrage, Straffung der Regulierungswege, Förderung von öffentlichen und privaten Investitionen, Stärkung der biotechnologischen Kompetenzen.